공개 유전자 복사 번호 카탈로그의 분석

Borenstein의 연구실은 복잡한 시스템과 인간 마이크로 바이움 연구 및 마이크로 바이옴 데이터를 분석하는 정교한 계산 방법을 개발하고 있다. 이 문제를 해결하기 위해,  광범위하게 인간의 장내에 널리 퍼진 많은 미생물 종에 걸쳐 변형 수준의 유전적 변이의 특성을 위한 새로운 프레임 워크를 개발했다. 

미생물의 동일한종의 분리 균주들이 인코딩 또는 각각의 유전자의 카피수의 유전자 세트에 크게 다를 수 있다고, 저자는 설명했다. 특정 유전자가 없거나 존재 또는 변형에 따라 2회 이상 반복 될 수도 있다. 이러한 유전자 카피수 변이 균주의 능력에 큰 영향을 미칠 수있다. 그것은 에너지 물질을 분해하거나 주위 취득하기 위한 바람직한 방법에서 방법의 생화학적 화합물의 종류 또한, 그 환경에서의 흡수, 그 독성에, 변형의 약제 내성에 중요한 역할을 할 수있다. 균주중 이러한 다양한 기능은 분명히 미생물의 라이프 스타일에 영향을 미칠 수있는, 아직 많은 사람들이 또한 인간 숙주의 건강에 대한 결과로 변환 할 수있다.

프레임 워크를 직접 metagenomic 데이터를 엽총에서 주어진 종에 특정 유전자의 카피수를 추정하는 방법을 제공한다"Borenstein 말했다. 그는 미생물 종의 복합체를 함유하는 샘플에 존재하는 모든 유전자를 조사하기위한 게놈 시퀀싱 기술을 참조한다. 새로운 전산 및 통계 분석을 사용하여, Borenstein와 그의 팀은 정확하게 기원의 종 각 시퀀스를 매핑 할 더의 창자 microbiomes 이상에서 창자에 사는 종의 점수에서 유전자의 수만의 카피 수를 추정 할 수 있었다.  microbiomes에서 중요한 복제 수 변화를 했다.  수십 종에 걸쳐 5,000개 이상의 유전자를 확인했다. 사실 그들은 그들의 유전자의 4 분의 1 정도의 변화를 나타낸 일부종 분석 종마다 이러한 가변 유전자를 발견 하였다.

이 과정에서  균주 사이에 광범위하고 이전에 관측 변화를 발견하고, 일반적인 생물의 많은 새로운 균주의 존재를 확인했다. 또한 이러한 변화의 의미를 바라 보았다. 그들은 운동, 다양한 물질의 수송, 에너지 수확을 포함한 유전자 복제 수 변화, 특히 경향이 있었다 여러 가지 기능을 발견했습니다. 이러한 변형의 변화는 어떻게 쉽게 공개 빠르게 장내 환경에 대응하여 변화를 미생물 수 있습니다. 대부분 호쾌, 연구자들은 또한, 예를 들면, 비만 또는 염증성 장 질환과 연관된 임상 것과 관련성을 가질 수 변형률 변화 특정한 인스턴스를 찾아 냈다.

이 연구까지, 과학자들은 아직 장 또는 변화를 특징 짓는 엄격한 방법으로 변형 변화의 범위를 문서화하는 포괄적 인 자원을 가지고 있지 않았다. 따라서 이들은 종종 장내 마이크로 바이 옴의 기능 레퍼토리과 살고있는 사람에 대한 잠재적 인 결과를 분석 할 때 종 내에서 변화의 가능한 영향을 무시해야했습니다.

장내 마이크로 바이 옴에서 내 종 변화, 그리고 우리가 제공하는 결과 공개 유전자 복사 번호 카탈로그의 분석, 복잡한 고도의 적응 시스템으로 장내 마이크로 바이 옴 공부의 새로운 방법을 동기를 부여 할 것으로 기대"그의 동료 밝혔다. 그는이 최신 연구는 장내 마이크로 바이 옴과 질병의 관리에 장내 마이크로 바이 옴의 구성이나 기능을 조작 할 수있는 잠재적 인 방법에 대한 미생물 역학에 대한 새로운 질문을하라는 메시지가 표시됩니다 기대하고 있다고 덧붙였다.